Filosofi Pendidikan di Universitas Sains Indonesia didasarkan pada UUD 1945 yaitu Mencerdaskan Kehidupan Bangsa dengan mendidik, mengembangkan kemampuan mahasiswa, berbudi pekerti, menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi, berakhlak mulia dan mandiri, profesional dan beretika, bertanggung jawab, serta mampu mengembangkan diri dan berkompetisi di tingkat nasional maupun internasional. Long life learning merupakan prinsip USI untuk memberikan pendidikan sepanjang masa, tidak membatasi usia, gender dan golongan untuk dapat menikmati pendidikan di USI sesuai dengan jenjang dengan persyaratan yang ditetapkan. Universitas Sains Indonesia bertekad untuk mencetak banyak Pemimpin Masa Depan.